El 15 de septiembre de 1821, cuando las Provincias del Reino de Guatemala declaran su independencia y se constituyen en Estados con su propia estructura organizacional e inician el camino para la formación de sus esquemas de defensa territorial y marítima, se puede observar el proceso evolutivo de las fuerzas armadas de Honduras. La nueva etapa no experimenta cambios drásticos, pues el Brigadier Gabino Gainza continuó con la misma estructura militar del régimen colonial. La anexión a México el 5 de enero de 1822 no modifica la posición militar y se mantiene durante un período de 18 meses hasta el 1 de Julio de 1823 que se declara la Independencia de México. A partir del 22 de noviembre de 1824 cuando se promulga la primera Constitución Política Federal de las Repúblicas de Centro América y se eligen los Jefes de Estado, empieza a desarrollar la formación del Ejercito como Institución inherente al Estado Independiente. Adoptada la figura de la federación como forma de gobierno, se procedió a elegir las autoridades máximas, en cada una de las provincias, y en Honduras es electo jefe de Estado y Vice Jefe, Dionisio de Herrera y José Justo Milla, respectivamente. El 11 de diciembre de 1825 se Decretó y Sancionó en la primera Asamblea Constituyente la Primera Constitución Política, estableciendo en el artículo 44 del párrafo 44, "Son atribuciones del Jefe supremo del Estado: Disponer de Las Fuerzas Armadas del Estado y usar de ellas en su defensa en caso de invasión repentina; pedir auxilio en el máximo caso a los demás Estados y suministrarlo cuando ellos lo pidan". No existía para ese período una organización militar permanente, no disponían de sueldos, rangos y el mantenimiento de las campañas militares se hacía con empréstitos por no existir presupuesto para tales fines. En Octubre de 1825 se decretó el primer Escudo de Armas y se emitieron leyes sobre todo para la organización de las tropas al igual que se instituyó el servicio militar obligatorio

​

Durante la administración del General Francisco Morazán se intentó crear una estructura militar para capacitar oficiales al fundarse en 1831, una Escuela Militar en Tegucigalpa, dirigido por el Coronel colombiano Narciso Benitez. Fue un destacado militar en las campañas militares del Ejercito Aliado Protector de la Ley comandado por el General Francisco Morazán. Se formaron en esa escuela militar entre otros, el Capitán General José Santos Guardiola y el General Francisco Ferrrera.

​

Una nueva Asamblea Constituyente reunida en Comayagua el 30 de mayo de 1838 emitió un decreto el 5 de noviembre de ese mismo año que declara a Honduras un Estado Independiente del resto de Centroamérica. Los conflictos militares y políticos posterior al colapso de la federación, provoco en Centro América un período denominado "Reacción Conservadora" caracterizado por constantes guerras, inestabilidad política, desorden administrativo y las facciones caudillistas que ascendían al poder por medio de las armas con la intervención y el constante apoyo de Guatemala y el Salvador.

​

Los caudillos al amparo de un ejercito improvisado saqueaban el país y ascendían al poder por medio de las armas.

​

Durante el período que comprende 1864-1876 se produjeron en el país 16 acciones de armas de magnitud considerable. En ellas participaron experimentados Jefes militares de una y otra facción, quienes ocuparon ocasionalmente la Presidencia de la República, tal es el caso de los generales José Trinidad Cabaña, José Santos Guardiola, José María Medina, Ponciano Leiva, Domingo Vásquez y Manuel Bonilla ,entre otros.

​

Es importante destacar que varias campañas militares tuvieron carácter internacional y una tuvo la característica de ser considerada Guerra Nacional Centroamericana para expulsar al ejército del filibustero Willian Walker.

Durante este período de guerras internas y externas, sobresalen dos aspectos muy notorios que ocurren durante el gobierno del Capitán General José María Medina,1864-1872. Se reglamento el uso de uniformes y los distintivos para los grados de los oficiales y miembros de la tropa. La Constitución Política de 1865 establece en el Capitulo XVIII, Articulo 63 la normativa que literalmente dice:

​

"La Fuerza Pública se compone de la milicia nacional y del ejército de tierra y mar. Es instituida para defender el Estado contra los enemigos exteriores, y para el mantenimiento del orden y la ejecución de las leyes".

​

Para defender las fronteras terrestres y marítimas la organización, equipamiento y reglamentación del ejercito era muy precaria, respondía a los movimientos políticos del gobernante de turno y los movimientos opositores. El equipamiento inicial se abastece de piezas de artillería colonial y solamente a partir de 1870 fueron adquiridas piezas de artillería, fusiles y municiones en los mercados de Estados Unidos y de Europa.

​

Con el proyecto de Reforma Liberal impulsado por el Doctor Marco Aurelio Soto, 1876-1883, el desarrollo general de la hacienda pública incluye un presupuesto militar que favoreció su crecimiento y equipamiento. El l de Enero de 1881 se emitió el primer Código Militar. Desde 1825 el ejercito de Honduras mantuvo su organización basándose en las ordenanzas militares de España. Con la vigencia del Código militar de 1881 el ejercito de Honduras adquirió un instrumento legal para regir su propia organización. Se reglamentó el servicio militar obligatorio Para cumplir las actividades propias de Policía el 28 de diciembre de 1881 se emitió el decreto de organización de una estructura que desempeñara funciones de rondas, apoyo a los tribunales y seguridad interna pública. Así nació la Policía con su reglamento y funcionamiento organizacional. Hay que reconocer que durante la administración de José María Medina se organizó la Policía Rural para combatir la criminalidad y abigeato que prevalecía en el país. .

​

En la administración de Soto-Rosa se creó la segunda Academia Militar bajo la dirección del General de origen francés Hector Galinier para capacitar a oficiales y mandos intermedios. Su formación fue a la rama de artillería. La ampliación de la red de carreteras y la instalación del telégrafo permitió el control político de las principales poblaciones. La distribución de las fuerzas policiales en todo el territorio fue más efectiva.
 

En la administración del General Luis Bográn,1883-1891, se organizaron destacamentos militares en los centros mineros, se emitió una ley de enjuiciamiento militar donde se establecía que la justicia militar estaría administrada por jueces de instrucción, jueces de instancia militar, tribunales militares y un tribunal supremo de guerra. Se fundó la Escuela de Cabos y Sargentos para capacitar y profesionalizar los mandos intermedios del ejercito en 1883

​

Al ascender a la Presidencia de la República General Ponciano Leiva, 1891-1893, Honduras se organiza en 4 secciones militares; sección del centro, del norte, de Occidente y del sur, la autoridad máxima era un inspector, nombrado por el Poder Ejecutivo. Esta división militar territorial fue derogada el 29 de agosto de 1893.

​

En el gobierno presidido por el Doctor Policarpo Bonilla,. 1894-1899, se dan los primeros pasos para organizar la fuerza naval y se funda la Escuela de Artillería de Tegucigalpa en 1898. La Constitución Política de 1894 establece entre las atribuciones del Poder Ejecutivo el deber de "Ejercer el mando de las fuerzas de tierra y mar.
 

El Presidente Policarpo Bonilla informaba al Congreso Nacional en 1898 que su gobierno había comprado el barco "22 de Febrero" con 22 toneladas brutas, 10 netas, con capacidad para desarrollar 7 nudos, además se adquirió para perseguir el contrabando y proteger los puertos en caso de guerra el Buque Tatumbla, de 108 toneladas brutas y 42 netas, desarrolla 10 nudos, dotado con 2 cañones.

​

Durante la primera administración del Presidente General Manuel Bonilla,1903-1907, fue creada una Escuela Militar en 1904, dirigida por el Coronel de origen chileno Luis Segundo Oyarzún. La escuela graduó dos grupos de oficiales, sobresaliendo entre ellos los generales Abel Villacorta y Vicente Tosta Carrasco, se mantuvo funcionando hasta 1912. Existió una escuela militar dirigida por el Ingeniero y Coronel Miguel Angel Ramos entre 1918-1922.
 

Se publicó el Primer Boletín del Ejército en 1913 y se mantiene ininterrumpidamente hasta el año de 1916. Para 1919 se incorpora al Ejército el servicio de Sanidad Militar contando para su función con personal distribuido en diferentes guarniciones militares.

Durante la presidencia del General Rafael López Gutiérrez,1920-1924, se inicia la organización de la aviación. El 18 de abril de 1921 el gobierno compró un avión Bristol H-9 de 300 caballos de fuerza, artillado de una plaza y equipado con un motor hispano-Suizo. Se contrató al piloto Iván Lamb con el objetivo de organizar una Escuela de Aviación. Al asumir plenos poderes del Estado, el General Rafael López Gutiérrez en febrero de 1924, los candidatos vencedores de las elecciones de octubre de 1923 se movilizaron para organizar un movimiento militar de oposición al gobierno de López Gutiérrez. La cruenta guerra civil de febrero a abril de 1924 fue la de mayor daño a la vida económica y social en el siglo 20 en Honduras.

​

Las fuerzas opositores contrataron al veterano piloto Clarence H. Brown alquilando un avión Lincols S. con el cual bombardearon las posiciones gubernamentales. Este hecho representa la utilización de la aviación con propósitos militares a nivel centro americano. La Guerra civil llegó a su fin con la victoria de las fuerzas militares opositoras al gobierno y la muerte del presidente López Gutiérrez, y el pacto de negociación para nombrar al general Vicente Tosta Carrasco como Presidente Provisional de Honduras, 1924-1925.

​

El Presidente Miguel Paz Barahona,1925-1929, creó en 1927 una inspectoría General de las guarniciones de la República, con sede en San Pedro Sula, manteniendo el Ejército la organización creada en gobiernos anteriores.

La Aviación Civil y Militar inician su despegue al adquirir aparatos aéreos para el ejército en 1924. La administración de la Secretaria de Guerra y Marina se convierte en Secretaria de Estados en los despachos de Guerra, Marina y Aviación creado bajo acuerdo del 9 de Junio de 1930. En la administración del presidente Vicente Mejía Colindres fue creada La Escuela Nacional de Aviación por decreto del 10 de abril de 1931
 

El 1 de febrero de 1933 asumió la presidencia de la república el general Tiburcio Carías Andino, iniciándose un franco desarrollo para Las Fuerzas Armadas y la consolidación de la Fuerza Aérea.

​

Se destaca: - La compra de aviones de guerra Stinson en 1933.
- La creación del cuerpo de ametralladoras en 1935.
- Se estableció la educación militar en los centros de segunda enseñanza.
- Se fortaleció la Policía Nacional para combatir la delincuencia y la alteración del orden Público.
- Elaboró un proyecto de organización del ejército estableciendo la obligatoriedad del servicio militar.
- La compra del guardacostas Zambrano para combatir el contrabando en los puertos de la Costa Norte.
- Se emitió el reglamento orgánico de la acción militar en abril de 1934.
- La compra de una segunda flotilla de aviones en 1935.

Posterior a la compra de la segunda flotilla, fueron contratados los servicio del coronel William C. Brooks y el 25 de Enero de 1936 fue abierta la Escuela Militar de Aviación. Este hecho histórico inaugura la fundación de la Fuerza Aérea Hondureña, sin embargo a partir de 1938 se organiza el estado mayor de las Fuerzas Armadas de Honduras

Durante la Segunda Guerra Mundial, 1939-1945, Honduras declara la Guerra a Alemania y Japón. La declaratoria de guerra moviliza recursos para organizar y profesionalizar el ejercito. Es importante apuntar que una misión militar de los Estados Unidos de Norteamérica venia preparando un proyecto de apoyo y entrenamiento del ejercito de Honduras. Durante este período se adquieren los guardacostas "Zambrano" y "General Carías" en el año de 1938. El 11 de marzo de 1946 se suscribió un Tratado de Asistencia Militar y en mayo llegó a Honduras una misión militar de los Estados Unidos para sentar las bases de un ejercito profesional. Se organiza el Estado Mayor del Ejercito bajo la dependencia de la Comandancia General del ejercito. Durante el año de 1947, la misión Militar Norteamericana ayudó al gobierno de Honduras en los proyectos de entrenamiento del personal de la Escuela Básica de Armas, que fue creada al ser clausurado el Batallón de Veteranos, entrenamiento para el personal de la Fuerza Aérea, cooperación en la remodelación del Aeropuerto Toncontín.

​

En la administración del Doctor Juan Manuel Gálvez,1949-1954, fue creado la Escuela Básica de Armas, llamada después Escuela de Aplicación del Ejército, junio de 1949. Se creo la Escuela de Cabos y Sargentos, particularmente orientada a la rama de artilería..

​

En Noviembre de 1950 fue aprobado un nuevo reglamento de uniformes, insignias de grado, distintivos de armas y de los servicios de las Fuerzas Armadas. Por primera vez se estableció el uso del uniforme de fatiga de tela color verde olivo. Durante 1952 funcionaron la Escuela de Aplicación del Ejército, la Escuela Básica de Armas y la Escuela de Cabos y Sargentos fusionándose en abril para fundar La Escuela Militar "General Francisco Morazán". El 20 de Julio de 1954 es creado el 1° Batallón de Infantería, unidad insigne de la Fuerza Ejército. La Secretaría de Guerra Marina y Aviación modificó su denominación por Secretaría de Defensa Nacional mediante Decreto No. 8 del 24 de diciembre de 1954.
Se produce el fortalecimiento de la Policía al equiparse los departamentos de identificación, investigación, sección de policía montada, departamento de tránsito y de inspección de automóviles, escuela correccional y Juzgado de Policía.
 

El 21 de Octubre de 1956, las Fuerzas Armadas como institución promueve un Golpe de Estado contra el gobierno de Julio Lozano Díaz y entra de lleno a la participación política. En marzo de 1956, Honduras adquirió un lote de aviones corsarios para fortalecer la Fuerza Area. El 1° de Febrero de 1957 se crea la primera compañía de caballeros cadetes en organización interna de la Escuela Militar, convirtiéndose a partir de ese momento en un centro formador de oficiales. La Asamblea Nacional Constituyente al emitir la Constitución Política de 1957 reconoce la categoría de autonomía a las Fuerzas Armadas como parte del proceso de negociación política y una mayor intervención de las Fuerzas Armadas en la administración gubernamental. Durante la administración del Presidente Ramón Villeda Morales, 1958-1963, se organiza la Guardia Civil como una institución que sustituye a la Policía Nacional. Nuevamente las Fuerzas Armadas conducidas por el Coronel Oswaldo López Arellano promueven un Golpe de Estado contra el gobierno constitucional de Villeda Morales el 3 de octubre de 1963. Desaparece la Guardia Civil y la Policía Nacional se organiza en el Cuerpo Especial de Seguridad, C.E.S, subordinado a la Jefatura de las Fuerzas Armadas.

​

Con la formación de cuadros profesionales y técnicos capacitados en Panamá y los Estados Unidos de América en 1964, es creado el Primer Destacamento de Botes hondureños para organizar la Rama Naval con la adquisición de dos (2) lanchas. Con el acuerdo número 725 del 1º de septiembre de 1976 es creada la Fuerza Naval de Honduras.

Durante el período de 1963 a 1980 se produce un desarrollo institucional de las Fuerzas Armadas, dentro del contexto de la Guerra de 1969 y la crisis del conflicto centroamericano, creándose las diversas unidades:

​

Se organiza el Centro de Adiestramiento para Agentes de Policía en Ojo de Agua, 1967.
Comando Aéreo del Norte en 1969.
El Batallón de Ingenieros en 1970.
El Batallón de Artillería en 1970.
La creación de Escuela de Clases en 1970
Se funda la Policía Nacional de Hacienda en 1974.
Se organiza la Base Aérea "Coronel. Armando Escalón Espinal" en La Ceiba, 1974.
Se crea la Base Aérea "Coronel Hernán Acosta Mejía,1974.
Primer Escuadrón de Reconocimiento, hoy Regimiento de Caballería Blindada, en 1977.
Se crea la Base Aérea "Coronel Héctor Carraccioli Moncada,1978.
Se organiza la Fuerza de Seguridad Pública en 1978.
Se organiza la Policía Auxiliar Femenina, en 1979.
Se organiza el Escuadrón Policial Cobra en 1979.
Escuela de Comando y Estado Mayor en 1980.
Se funda la Base Aérea " Coronel Enrique Soto Cano, 1985.